Detectives genómicos

Los científicos de la UNM estudian las variaciones del coronavirus en busca de pistas sobre lo que vendrá después

Como el nuevo coronavirus - conocido por los científicos como SARS-CoV-2 - se reproduce, aparecen variaciones en su código genético. Al acumularse a lo largo del tiempo, estos cambios son como huellas dactilares, que dejan un rastro revelador de pistas sobre dónde ha estado el virus y hacia dónde podría dirigirse.

Los científicos de la Universidad de Nuevo México, Darrell L.Dinwiddie, PhD, y Daryl Domman, PhD, son desempeñando el papel de detectives genómicos que intentan resolver el caso.

Son parte de un consorcio nacional recién formado de universidades de investigación y departamentos de salud pública que buscan rastrear la enfermedad. Apodado SARS-CoV-2 SPHERES, el programa está patrocinado por el Centro Nacional de Enfermedades Infecciosas Emergentes y Zoonóticas (una rama de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades) como una forma de reunir información crucial sobre el virus.

Dinwiddie, profesor asistente en el Departamento de Pediatría de la UNM, ha estado secuenciando cientos de muestras de coronavirus obtenidas del Departamento de Salud de Nuevo México y el Laboratorio de Salud Pública de Wyoming en su laboratorio de genómica molecular durante las últimas semanas.

"Recientemente completamos los primeros 48 genomas de Nuevo México", dice. "Hay fuertes indicios de que la mayoría de las primeras infecciones en el estado se relacionaron con viajes de todo el mundo".

Dinwiddie ha estado colaborando en el análisis con Domman, PhD, profesor asistente en el Departamento de Medicina Interna. "Hace mucho de lo que llamamos epidemiología genómica", dice Dinwiddie, y agrega que Doman tiene experiencia en el seguimiento de brotes de cólera en todo el mundo. "Estamos usando métodos muy similares para investigar el SARS-CoV-2".

El genoma del nuevo coronavirus está codificado en cadenas de una molécula llamada ARN. Los cambios menores en la secuencia de nucleótidos en la hebra proporcionan información sobre qué tan estrechamente relacionada está una muestra viral con otra.

Científicos como Dinwiddie y Domman están trabajando arduamente en la construcción de una biblioteca de estas muestras para crear un árbol genealógico viral.

Un análisis preliminar de muestras recolectadas en Nuevo México sugiere que hubo múltiples introducciones del virus en el estado, lo que es consistente con los primeros informes de casos entre personas que habían viajado al extranjero o al país.

"También podemos decir a partir del análisis genómico inicial que la mayoría de las muestras son más similares a las cepas procedentes de Europa o Nueva York", dice. "No estamos viendo muchos que estén estrechamente relacionados con los de China".

La variación genómica en la reproducción viral es un proceso natural. "Para el SARS-CoV-2 S, la tasa de cambio genómico ha sido bastante estable", dice Dinwiddie. "Sabemos lo rápido que cambia. Basándonos en esa información, podemos hacer predicciones sobre cuánto tiempo atrás han ido las diferentes muestras".

Las muestras virales se toman de hisopos nasales recolectados de pacientes que dieron positivo a la infección por coronavirus. Se manejan mediante procedimientos de bioseguridad y se inactivan para que dejen de ser infecciosos, dice Dinwiddie.