Secuenciación rápida

Una semana después de que un paciente en el Hospital UNM diera positivo por COVID-19, el laboratorio de Domman, que maneja el análisis de las secuencias del genoma del SARS-CoV-2, determinó que la muestra era la variante Omicron.

Domman y Dinwiddie notificaron de inmediato al Departamento de Salud de Nuevo México (DOH). Al día siguiente, el DOH pudo publicar un anuncio de servicio público de que Omicron había llegado al estado y recomendó precauciones adicionales.

“Fue un cambio bastante rápido”, dijo Dinwiddie.

Dinwiddie, profesora asistente en el Departamento de Pediatría de la UNM, dijo que estudiar y rastrear el SARS-CoV-2 y sus variantes también ha sido útil para monitorear la efectividad de las vacunas.

“Cuando comenzamos a ver una reducción en la protección de las personas vacunadas cuando aparece una nueva cepa de SARS-CoV-2, eso es una indicación de que tal vez su inmunidad esté disminuyendo”, dijo Dinwiddie. “Eso puede ser usado por los CDC y la FDA para ver si necesitan aprobar otro refuerzo”.

Antes de la pandemia, Dinwiddie, profesor asistente en el Departamento de Medicina Interna, estudió otros virus respiratorios mediante pruebas genómicas, y el enfoque de Domman fue la vigilancia genómica del cólera a escala mundial. Domman dijo que sus áreas de especialización encajaron bien cuando llegó el momento de cambiar su enfoque al virus SARS-CoV-2 a principios de 2020.

“Creo que tenemos conjuntos de habilidades realmente complementarios”, dijo Domman. “Creo que para los dos fue una transición bastante fácil aplicar nuestros conjuntos de habilidades al SARS-CoV-2, y es por eso que pudimos cambiar tan rápido y poner las cosas en marcha”.

Los dos han secuenciado muestras positivas para SARS-CoV-2 tanto del Hospital UNM como de hospitales en todo Nuevo México, así como de una gran empresa de pruebas de diagnóstico llamada TriCore Reference Laboratories.

“Eso realmente nos dio una idea de cómo se estaba introduciendo el virus en el estado y de dónde procedían estas infecciones”, dijo Dinwiddie. “Entonces podríamos rastrear los que entraron y llevaron a la propagación comunitaria”.

Si bien EE. UU. ha mejorado drásticamente en el trabajo de detective genómico en los últimos dos años, hay una cosa que los ha ralentizado: las pruebas de COVID-19 en el hogar.

Por supuesto, los beneficios de las pruebas en el hogar superan los negativos, pero esas muestras positivas no se incorporan al sistema de vigilancia.

“Esto tiene efectos dramáticos no solo para nosotros, sino también para el recuento de casos”, dijo Domman. “En términos de acceso a muestras y comprensión de lo que circula en el estado y a nivel regional y nacional, este es definitivamente un problema que tenemos que superar”.

Para combatir este problema, Domman dijo que sus esfuerzos, junto con TriCore y el DOH, el objetivo de Nuevo México es secuenciar al menos el 5% de todos los casos positivos en un mes determinado.

“Esa es una línea de base bastante buena”, dijo. “A ese nivel, generalmente recogeremos las variantes y subvariantes que circulan por el estado”.